與此類似，自然界生物中的核苷酸中只有D-核糖，根據化學合成的常識，實驗室合成是左右各佔一半⁴¹，所以自然界生物中的核糖的存在型態不可能用隨機合成的實驗結果來解釋，生命的起源比我們想像的要複雜得多。
第三個質疑，生物大分子，比如蛋白質中包含特定複雜的信息，無法通過自發組合而產生，不可能通過隨機組合、碰撞產生出高度複雜有序的生物大分子、細胞甚至生命。⁴²
比如，組合成DNA的四種核苷酸不會在自然界中自發形成。實驗製造的核苷酸是L（左）和D（右）異構體的混合物。由於DNA僅由D異構體組成，因此數千種特定D異構體的概率變得更加遙遠。即使存在自組織模式，含有250個短鏈核苷酸的基因出現的概率爲10¹⁵⁰至10⁷⁰分之一。
英國知名理論化學家、曾在牛津大學和加州理工學院及芝加哥大學任職的萊斯利‧埃萊澤‧奧格爾（Leslie Eleazer Orgel，1927—2007）1994年在《科學美國人》（Scientific American）雜誌中寫道：「結構複雜的蛋白質和核酸不可能同時在同一地點自發產生，但是兩者對產生生命缺一不可。因此，人們可能不得不得出這樣的結論：生命實際上永遠不可能起源於化學方法。」⁴³
新西蘭當代著名分子生物學家邁克爾‧道頓教授（Prof. Dr. Michael Denton, 1943—）在1985年出版的著作《進化論：陷入危機的理論》（Evolution: A Theory in Crisis）中這樣評論：「生命起源前，（原始）湯的存在是地球上生命進化出現的必要條件，但即使找到了湯的有力證據，生命起源的問題仍遠未解決。生命起源問題最難的地方不在於湯的起源，而在於從湯到細胞的各個階段，在用於構建細胞的基本構件、氨基酸、糖和其它簡單有機化合物與已知最簡單的生命系統類型之間存在巨大的不連續性（鴻溝）。」⁴⁴
勞而無功的RNA實驗
當人們發現用實驗結果來解釋「合成蛋白質可以產生生命」是一件希望渺茫的事時，人們又把注意力轉移到了另外一種生物大分子──核糖核酸上面。
核糖核酸（RNA）是由核糖核苷酸構成，常常以單鏈形式存在。每個核糖核苷酸單元包含一個糖分子、一個磷酸分子和四種鹼基之一：腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。
RNA具有多種功能特徵，能夠自我複製；有的具有催化作用；可以通過突變產生新的功能和特徵；在細胞中扮演多種角色，包括信使RNA（mRNA）、轉運RNA（tRNA）和核糖體RNA（rRNA），在蛋白質的合成環節至關重要。
所以，人們認爲RNA在生命的早期進化中起到重要作用，似乎可能在最早的生命存在形式中扮演至關重要的角色。
儘管似乎有吸引力，但通過化學物質隨機合成RNA進而產生生命的假設，也有很多令人質疑的地方。
第一，RNA組成部分戊糖可以通過化學方式合成。如前所述，化學合成得到的糖，一般是光學上左旋和右旋（L和D）的混合物，但在自然生物系統中發現的戊糖都是右旋。
第二，嘧啶同樣是組成RNA的重要原材料，但與嘌呤相比，從簡單化學物質前體合成嘧啶的產量很低⁴⁵。
第三，目前有機化學家尚未成功地將預先形成的嘌呤和嘧啶與核糖連接起來，因此，形成所需單核苷的可能性不大。而如果核糖和鹼基不能迅速形成核苷，就會很快被降解。
美國國家科學院分子生物學獎、伯爾尼大學漢斯西格里斯特獎和美國國家科學院早期地球和生命科學獎的獲得者傑拉爾德‧喬伊斯（Gerald F. Joyce）醫學博士曾經對生命的起源和RNA在地球生命早期歷史中的作用有着長期的興趣，他試圖通過RNA找到支持進化論的證據。結果經過了很多嘗試，他沒有找到支持生命始於RNA的任何證據⁴⁶，這讓試圖證明進化論的人們再一次失望。
美國國家科學院院士、英國化學家奧格爾（Orgel）在1994年評論道：「產生RNA世界的確切事件仍不清楚。我們看到研究人員提出了許多假設，但支持每一個假設的證據充其量只是零星的。RNA世界和生命如何出現的全部細節不可能會在短期之內揭曉。」⁴⁷
令人失望的大腸桿菌
1988年，美國密西根州立大學科學家、美國國家科學院院士蘭斯基（Richard Lenski）想觀測一種生物到底能不能經過若干代的繁殖之後變成另一種生物。
蘭斯基教授從1988年2月24日開始用大腸桿菌做實驗。根據2013年《科學》（Science）雜誌文章的報導，在蘭斯基教授實驗室的條件下，大腸桿菌一天之內繁殖6.6代。25年之後，大腸桿菌繁殖五萬八千代，但大腸桿菌還是大腸桿菌，沒有變化成另一種細菌或生物⁴⁸。截止到2020年觀察了32年⁴⁹，也沒有發現大腸桿菌變種。
在整個實驗中，他所觀察到的都是大腸桿菌種內基因的變異，細菌並沒有變種⁵⁰。儘管發表的論文中經常用到evolution這個詞，但都是「微進化」範圍的變異，並不是「廣進化」中所說的「變種」。
最大的事件是一些大腸桿菌不再依賴稀缺的葡萄糖而是利用檸檬酸鹽來繁殖，但這也不意味着它們變成了一種新細菌。因爲細菌分類要根據細菌形態、基因組特徵，結合生化測試綜合鑑定，僅僅利用一種不同物質作爲新的能量來源，只是一種新的特質⁵¹。
當2015年美國《公共科學圖書館—生物學》期刊（PLOS Biology）⁵²的文章和2017年《自然》（Nature）⁵³的文章發表時，該實驗中的大腸桿菌都已經繁殖了超過六萬代，但是大腸桿菌還是大腸桿菌，依然沒有產生新的細菌種類。
我們這裏總結一下從1988年實驗開始之後的主要實驗進展：
2013年《科學》的文章發表，實驗做了25年，大腸桿菌繁殖了五萬八千代，沒有產生新細菌。
2015年《PLOS Biology》的文章發表，實驗做了27年，大腸桿菌繁殖了六萬多代，沒有產生新細菌。
2017年《自然》的文章發表，實驗做了29年，大腸桿菌繁殖了六萬多代，沒有產生新細菌。
2020年，實驗室網站的信息顯示，實驗做了32年，大腸桿菌估計應該繁殖了七萬多代，沒有產生新細菌。
通過這個實驗，人們見證了大腸桿菌在32年的時間裏繁衍超過六萬代依然沒有變異成另外一個新物種。若以大腸桿菌的生命和繁衍週期與人類作類比，大腸桿菌經歷的25年就至少相當於人類的一百多萬年。
這一實驗原本是爲了驗證「進化論」，最後反而推動了人們對進化假說的直接質疑。
另外，繁殖到大約第6500代，其中一個燒瓶中出現了兩種類型的大腸桿菌：一種繁殖能力相對較弱，菌落相對較小；另一種繁殖能力相對較強，產生的菌落較大。
蘭斯基本來預計，如果達爾文的自然選擇、優勝劣汰的理論是對的，繁殖能力較強的細菌會越來越強勢，最終代替繁殖能力較弱的細菌。但結果令他驚訝⁵⁴，這兩種類型的細菌都持續存在、共同生存。這是對進化假說的另一個否定，即否定了達爾文提出的「自然選擇、適者生存」的觀點。
3. 物種保持穩定的自然鐵律
不僅後人的實驗無法驗證「進化假說」的成立，一些被科學界公認的許多科學事實也能對「進化假說」形成直接挑戰。
俗話說，「種瓜得瓜，種豆得豆」，它表明了生物界中物種一旦產生就各從其類穩定繁衍後代、保護其物種穩定存在下去的自然規律，這也是生物學中不變的鐵律。
環境不能改變物種
現代分子生物學研究表明，所謂環境壓力或因素大多影響的是表觀遺傳學的變化，是基因表達的變化，並不是基因編碼本身的變化。
大腸桿菌經過數萬代繁衍也未變成新細菌的實驗，說明了環境的變化通常只會令物種自身發生微小的變化，一個物種是不可能通過環境的選擇壓力選擇出所謂的「優勢」基因突變，從而產生新物種的。
生物物種對環境的適應，往往是通過對基因表達的調控來適應的，所以環境壓力改變物種的說法欠缺科學依據，環境變化不能改變物種。
亙古不變的「活化石」
有一些被人們稱之爲「活化石」的物種，它們很古老且一直沒有發生「進化」，比如植物中的銀杏、蕨類和動物中的熊貓，它們都經過了漫長的地質年代，依然沒有「進化」。
腔棘魚（coelacanth）也叫「四腿魚」，可謂是地球上的活化石，這是一種來自4.2億年前的遠古魚類。最近科學家在東非的熱帶島國馬達加斯加意外地發現了它的蹤跡。⁵⁵
這表明生物物種的基因通常是非常穩定的。大自然有足夠的時間，這些物種的生存環境也在改變，可是它們卻一直沒有變種。
一百多年來，科學家們試圖找到從一個物種轉變成另一個物種的證據，但各種嘗試幾乎都失敗了。
新冠病毒感染了全世界超過6億人，經歷了大量的突變，全世界掀起大規模的抗病毒藥物治療和疫苗接種，但新冠病毒至今仍是新冠病毒，未發生變種；大腸桿菌繁殖了幾萬代，還是大腸桿菌；流感病毒變異了這麼多年，還是流感病毒。人們從來也沒有觀察到任何一個生物變化成另外一種生物的奇特現象。
「人工育種」不產生新物種
當達爾文寫《物種起源》一書時，他不能提供任何自然選擇進化的實例，所以他借用了一些人工選種的例子。例如，他用鴿子做實驗，人工選擇了不同的特徵，如喙的大小、形狀和顏色，並證明可以改變這些鴿子的特徵，似乎想要通過這些實驗證明自然選擇可以達到從一個物種變化成另一個物種的效果。
但是，這些鴿子仍然都被歸類爲鴿子。達爾文1868年1月發表《動物和植物在家養下的變異》⁵⁶（The Variation of Animals and Plants under Domestication），書名寫的只是變異（Variation），不是「變種」。
人工育種，只是讓動物或植物的基因組的不同組合顯示出來，不能算作創造新物種。
要成爲一個新物種，需要形成一個新的生物羣體，這個羣體能夠獨立繁殖後代，而且與原有的羣體無法進行交配並繁殖出有生育能力的後代。
例如，馬和驢交配可以生出騾子。因爲馬和驢的染色體數量分別爲64條和62條，所以騾子的染色體是63條⁵⁷，擁有奇數條染色體的騾子無法繁殖後代。因此，從生物學角度看，騾子並不是一個真正的「種」。
我們日常所食用的無籽西瓜是普通二倍體西瓜與經秋水仙素處理後的四倍體西瓜的雜交一代⁵⁸，因爲含有奇數倍（三倍）的染色體，配子無法進行配對，所以三倍體西瓜（無籽西瓜）無法產生正常成熟的西瓜種子。這樣的西瓜雖然果肉可以吃，但是因爲沒有後代，也不能算作一個真正的獨立的種。
不能繁殖後代的現象，生物學稱爲「生殖隔離（Reproductive Isolation）」現象，通常指由於生殖或生物學原因，即使地緣關係相近，物種不同的類羣之間也不能成功地交配出具有繁殖能力的後代。這恰恰說明自然界中每個物種都有保持其物種獨特性穩定下去的自然機制。⁵⁹
正因爲如此，達爾文的實驗品──所有經過雜交的家畜回到大自然後，複雜的變種很快就消失了，生還者都恢復到原本的野種⁶⁰。即使是最高明的育種家也不能創造出任何新物種。
法國科學院院長、動物學家皮埃爾-保羅‧格拉斯（Pierre-Paul Grasse, 1895—1985）認爲，「人工育種的例子是反對達爾文學說的有力證據。雖然經過千年選種的壓力，任何不符合育種目標的個體都被消滅了，但是始終都沒有新種出現。化驗比較各種狗的血清、血紅素、血蛋白和受精的可能性都顯示，所有不同品種的狗，其實仍然屬於同一個生物種。這項結論是客觀測試的結果，不是主觀分類學上的意見。」
所以，自然界之中不存在兩種物種之間正在演變的中間物種及人工育種無法創造新物種的事實，恰恰說明物種具有保持其穩定性、不可能隨便進化的自然規律。物種不但不能進化，反而需要保持原始本質才能生存下去。達爾文的進化論在本質上違反了這一千古不變的自然規律。
4. 人不是猴子變的
澳大利亞著名分子生物學家、王家墨爾本理工大學伊恩‧麥克裏迪教授（Prof. Dr. Ian Macreadie）曾說：「真是想不通我們是從『猿』進化來的。」⁶¹
達爾文主要根據解剖結構，認爲猿和人長得相似、具有共同的身體特性，認爲兩者具有親緣關係、源於同一個祖先。然而，解剖結構看起來外表相似，其實決定這些結構的基因、蛋白質的差異卻非常巨大。
首先，人和猴子在社會倫理道德方面存在巨大差異。人是有智慧、有思想、能創造的「萬物之靈」；人有道德倫理觀、具有社會責任感，可以根據道德準則做出選擇和判斷。
而猴子只是在樹上攀緣、在地上爬行的動物，猴子智力低下，主要受生理本能和動物社會行爲的影響，沒有人類的倫理道德觀，也不具備價值判斷能力，怎麼能跟人類做比較呢？從這一點上來說，如果把人與猴子歸爲同類，就是對人的一種侮辱。這一點在後面章節裏會詳細論述。
第二，僅僅從一般生物學角度以及物理化學等結構層面來看，猴子和人之間，在骨骼、肌肉、大腦、蛋白質、基因的生物學結構上，都有很多本質的不同。
在藥物研究中，任何動物實驗都代替不了人體實驗。在細胞生物學和分子生物學實驗中，人們發現，即使能在動物模型中得到驗證的實驗結果，也還是無法在人體實驗中被驗證。這個基本常識，說明人和猴子之間有很大的生物學差別。
德國馬克斯‧普朗克分子細胞生物學與遺傳學研究所（Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics，簡稱MPI-CBG）在2016年發表的研究指出，人與被進化論認爲的人的近親黑猩猩的大腦結構有很多不同⁶²：首先，人的大腦大約是黑猩猩大腦的三倍；其次，人大腦表面的結構，稱爲「大腦皮層」，在記憶、注意力、意識和思維方面起着關鍵作用──在人類大腦皮層的細胞數量是黑猩猩同一區域的兩倍，而且人大腦皮層中的腦細胞網絡的行爲也與黑猩猩有很大不同。
第三，基因組比較分析的研究證實人與猿猴的基因水平差異巨大，無法用漸進演化來解釋。
不同物種之間分子水平的相似與關聯曾經被視爲能爲進化論找到證據的期許之地。早在1975年，在一篇發表在《科學》雜誌、後來被認爲是里程碑式的論文中，Mary-Claire King和Allan Wilson討論並總結了四種方法來比較人類和黑猩猩的蛋白或基因的差別及其結果：1. 蛋白的氨基酸測序；2. 免疫沉澱；3. 蛋白電泳；4. DNA雜交。⁶³
我們今天知道，只有第一種方法是可以準確比較差別的。那麼在將近50年前，兩位科學家在沒有更好辦法的情況下采用估算的方法倒也無可厚非。關鍵是，他們在只有8種蛋白的不完全測序、5種蛋白的免疫沉澱數據的情況下，得出的「迄今爲止所檢測的人類和黑猩猩的蛋白序列，平均來說，超過99%是相同的」的結論，竟然成了影響今後數十年的金科玉律，而這個結論卻並非是作者這篇論文所要得出的主要結論。
三十年後，在另一篇後來被廣泛引用的、發表在2005年《自然》雜誌上、由美國麻省理工大學和哈佛大學牽頭的研究論文中，作者們比較了人類和黑猩猩的基因組的DNA序列後，得出人類和黑猩猩的基因組序列差異爲4%或者是相似度爲96%的結論。⁶⁴
2005年的《自然》論文也同樣存在嚴重的方法學缺陷，因爲黑猩猩的基因組是以人類基因組爲模板來拼接的。
即使存在嚴重方法學缺陷，得出來的4%的差異數字雖然看着不大，也已經代表了上億個核苷酸的變化──具體說來，有三千五百萬個單核苷酸密碼子的區別；五百萬個基因的插入（insertion）或刪除（deletion）事件，代表着九千萬個鹼基對的變化；另外還有各種染色體的重排現象。⁶⁵
特別的是，研究組還鑑定出166萬個高質量單核苷酸多態性（SNP）的差異、決定性別的Y染色體有1.9%的差異，這都代表着非常驚人的、非常巨大的差別。這些都是難以用達爾文的漸進演化理論來解釋的。
總之，過去這類論文分析都存在重要技術缺陷，嚴重誇大了黑猩猩和人之間的基因相似性。
終於到了2018年，一篇在技術上趨於完善的對人類與猿猴基因測序和比較的論文在《科學》雜誌上發表了。這篇來自美國華盛頓大學醫學院基因組學系等機構的研究採用了PacBio的SMRT長讀技術，每一個DNA片段可以讀到十多萬鹼基對，這次的每一種基因組的拼接都是獨立的，不是以人類基因爲模板的。
在對這些獨立拼接的基因組序列進行「多序列（multiple sequence alignment, MSA）」比較後，作者得出了「猿猴的基因組中有83%可以找到和人類基因做對比的序列」的結論，也就是說，有17%無法和人類基因組對比。⁶⁶
這裏要指出的是，兩個基因組的相似度是低於83%的，因爲那些無法和人類基因組對比的部分的相似度低到什麼程度，論文沒有披露，而可以相比之處的相似度也沒有給出，我們姑且假設是上述2005年《自然》論文所說的96%，那麼猿猴基因組那83%可以和人類基因組對比的部分的相似度換算成整個基因組的相似度應爲83%x96%=79%，所以說人猿基因組整體的相似度可能會低於80%。
另外，人與猩猩的染色體在數量和結構上也存在重要差別：人類有46條染色體，而黑猩猩有48條染色體。此外，染色體的構成方面也存在衆多差異，如黑猩猩在18號染色體上有大量額外的端粒異染色質區域。⁶⁷
即使存在4%的基因差異（編碼蛋白質的部分）就已經代表相當巨大的功能、結構和性狀的變異。例如，不同狗之間的基因序列差異很小，只有0.15%，但是不同品種的狗之間已經表現出相當大的差異。
人不是猴子變的。（大紀元製圖）
即使基因和蛋白質的一級基本結構可以一樣，立體結構也可能不一樣。舉個簡單例子，碳原子的排列程序不同，組合出來的分子結構也不同，可能成爲石墨或金剛石。在基因和遺傳物質領域，可能還有很多我們人類目前所不能認知到的其它許許多多因素，這些因素也在決定着生命的差異。
任何物種的變化都需要系統性的整體的變異才能形成一個獨立的物種。假設人真的是從猴子進化來的，那麼猴子需要在基因、蛋白質、細胞等等層面上同時發生許許多多的基因突變、蛋白質的結構和功能的無數的變化，而且，需要令人難以置信的快速突變率，從而導致新DNA的形成、數千種新蛋白質的形成以及數不清的細胞、器官、系統等層面的同時變化。
所以，鑑於猿和人之間基因、蛋白質、功能上的種種巨大差異，要想讓這些變化同時快速發生，根本就是一個極其微小、極其微小、極其微小的小概率事件。如此小概率事件能夠發生，不可能是進化，只能是有意圖的設計。
現代生物學要證明一個理論的正確，需要從很多層面──基因層面、蛋白質水平、生化、表型、功能等等各方面來證明，提供各方面的翔實證據，而支持古代的猴子能進化成人的科學實驗證據卻一個也沒有。因此，「進化論」所認爲的人是由猴子變來的，根本就是不可能的。
六、衆多科學家公開否定進化論
世界上許多很有成就的科學家付出很大努力，都找不到支持進化假說的任何科學根據，於是紛紛著書或撰寫論文反對達爾文的進化假說。一些有代表性的科學家的評論如下：
1. 進化論「站不住腳」
新西蘭奧塔戈大學（University of Otago, New Zealand）分子生物學家邁克爾‧道頓教授（Prof. Dr. Michael Denton, 1943—）說⁶⁷：
「一百二十年前，懷疑論者可能會寬容，讓達爾文主義從懷疑中獲益，並允許未來的發現最終可能會填補1859年如此明顯的空白；這樣的立場今天看來是站不住腳了。」
「自從1859年以來，沒有一個科學或經驗發現可以證明達爾文『廣進化』中兩個基本原理：1. 所有生物都可以追溯到一個本源；2. 生物的適應設計是盲目機遇的結果。」
2. 進化論「是沒有證據且與事實不符的假設」
牛津大學生化學家、藥物學家恩斯特‧伯利斯‧柴恩教授（Prof. Dr. Sir Ernst Boris Chain, 1906—1979）與蘇格蘭生物學家植物學家亞歷山大‧弗萊明（Sir Alexander Fleming, 1881—1955）爵士一起，因爲發現盤尼西林（Penicillin）的治療效果而獲得1945年諾貝爾生理學或醫學獎。
柴恩教授以非常專業嚴謹的態度研究了達爾文進化論，結論如下⁶⁸：
「一個沒有任何科學證據爲依據的理論假設。」「他（達爾文）得出結論認爲生物發展和適者生存『完全是偶然突變的結果』，這是『沒有證據且與事實不符的假設』。」「它甚至很難被稱爲理論。」
「這些經典的『進化論』，將大量極其複雜和錯綜複雜的事實嚴重、過度簡化。令我驚訝的是，在漫長的時間裏，這個理論竟然被這麼多科學家欣然地、如此輕易地、不加批評地吞嚥下去！」
3. 進化論「是達爾文的白日夢」
美國當代傑出生理學家約瑟夫‧馬斯特羅保羅教授（Prof. Dr. Joseph A. Mastropaolo）曾在道格拉斯太空公司（Douglas Space Systems）和加州州立大學長灘分校（California State University, Long Beach）等機構做過三十多年的研究和教學工作，在《科學》雜誌上發表過22篇學術論文並多次獲獎。
他研究進化論後的結論是：「生物能自動發生，是達爾文的白日夢⁶⁹。」
21世紀初的今天，馬斯特羅保羅教授預備了1萬美金，正等待任何進化論狂熱者能拿出實實在在的證據來證明進化論是科學的。⁷⁰
4. 進化論「不是一個可以被驗證的科學理論」
德國著名科學哲學家卡爾‧雷蒙德‧波普爾（Prof. Dr. Sir. Karl Raimund Popper, 1902—1994）教授認爲：「達爾文主義不是一個可以被驗證的理論，而是一種形而上學的研究項目。」⁷¹
5. 進化論「是成年人的童話」
路易斯‧布努爾博士（Dr.Louis Bounoure）在擔任法國國家科學研究中心研究主任時曾指出：「進化論是成年人的童話，該理論對科學的進步毫無幫助、毫無用處。」⁷²
6. 科學家在《自然》雜誌上聯名否定進化論
1981年3月12日，《自然》雜誌第82頁發表了來自大英博物館的22位植物學、昆蟲學、古生物學、公共服務和動物學系科學家的聯合署名信。信中這樣寫道：「如果認爲進化論是事實，又以爲進化論已經被最嚴格的科學方法證實，那麼我們就必須堅決反對這樣的推斷。迄今爲止，進化論並沒有絕對的證據。若明天有更好的理論出現，進化論馬上會被摒棄。」⁷³
（第一章爲大家疏理了進化假說的邏輯錯誤、不支持進化假說的實驗數據和科學事實。第二章會爲大家進一步破除進化假說的基本迷思。待續。）
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《透視「進化論」》寫作組△
點閱【透視「進化論」】系列文章。
前言 第一章：進化論是未經證實的假說（上）
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