近年因实行粮棉购销体制改革（实际上是恢复计划经济的统购统销）遭到经济学家杜润生和吴敬琏的反对，又骂杜、吴“不懂农业!”杜润生被骂后闭口不语而吴敬琏回答“你说我不懂农业还可以，说杜老不懂农业，那中国还有谁懂农业?”当前朱镕基的粮棉购销体制改革已经破产。

中央电视台对丰收之后，棉花卖不出去，棉农遭受损失已公开进行批评，而私人购粮棉，已悄然在市场里复兴，在这种情况下也没有听到朱镕基的一字自我批评。

加入WTO，朱镕基领导下的国务院又轰轰烈烈开始壮大，成立了九个行业委员会，名义上是与国际接轨，实行行业领导，实际行使的是政府职能。朱总理任上还有一年多，还记著他就职演说的人，都愿意他青史留名，而不是留下更多的决策失误。