Fritz Bauer于1963主持了法兰克福审判,审判对象同样是奥斯维辛集中营相关人员。但波兰审判所根据的是国际法,特别是关于反人类罪的相关规定,以及《国际军事法庭章程》(Charter of the International Military Tribunal at Nuremberg);而法兰克福审判因为是在德国境内进行,所根据的则是联邦德国的法律。
法兰克福审判虽然涉及人数不多,但是影响巨大。媒体在1963年审判前后20个月的连续报道,使得德国大众尤其是战后出生的年轻人开始意识到纳粹在海外犯下的罪行,尤其是集中营中的罪行,并因此要求政府开展大规模清算。例如在1968年,著名的战后反纳粹人士Beate Klasfeld在基民盟大会上公开扇了西德总理Kurt Georg Kiesinger一个耳光,并要求其下台,原因是后者曾经在1933年加入纳粹党,而Klasfeld认为让一个曾经的纳粹党人当国家总理是“不可原谅”的。
这一案件的审理为更多纳粹大屠杀罪犯的审判提供了先例。2013年,德国负责调查纳粹罪行的“中央办公室”(Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen)向检察机关提交了30名前奥斯维辛集中营人员资料,建议对其提起诉讼。