吳官正在報告中多次強調「三個代表」的重要性，但暗中指出，在江澤民任中共總書記期間，全國「反腐敗」鬥爭存在嚴重問題。

吳官正認爲，十多年來，以江澤民同志爲核心的前屆黨中央在「反腐倡廉」問題上做得還遠遠不夠，並指出那隻不過是僅僅「初步探索出一條適合我國現階段基本國情的有效開展反腐倡廉的路子」，因此，「進入新世紀新階段，黨風廉政建設和反腐敗鬥爭的任務艱鉅而繁重」。吳官正緊接着強調，「各級黨委和紀委一定要增強憂患意識，居安思危，清醒地認識到腐敗現象的極端危害性，清醒地認識到反腐敗鬥爭的長期性、艱鉅性和複雜性，進一步增強政治責任感和工作緊迫感，更好地擔負起反腐倡廉的歷史使命。」

吳官正還認爲，江澤民的「反腐敗」沒能使人民大衆深受其益。因此，吳在報告中途強調「三個代表」的重要性時，突然話鋒一轉強調說，要緊緊圍繞發展新任總書記胡錦濤提出的「執政興國」的這個第一要務，「堅決貫徹黨要管黨、從嚴治黨的方針，堅持標本兼治、綜合治理，逐步加大治本的力度，把反腐倡廉工作提高到新水平，使人民羣衆更多地得到改革開放和現代化建設帶來的實惠，更多地感受到加強黨風廉政建設和深入開展反腐敗鬥爭的成果，爲實現全面建設小康社會的奮鬥目標和戰略任務提供堅強的政治保證。 」

對過去黨內不民主現象嚴重，吳官正似乎也頗有感觸，吳官正強調，要根據發展變化的新形勢和新情況，「創新體制機制制度，推進從源頭上預防和治理腐敗的工作；健全制約監督機制，強化對黨員領導幹部的監督，不斷取得黨風廉政建設和反腐敗工作新的階段性成效。」