对于部分“起义”、“投诚”的国民党高级将领，中共则授以官爵厚禄，以收买人心，比如傅作义就被任命为水利部部长；而对于绝大多数“投诚”、“起义”的将领，中共则通过“镇反”运动将之消灭。如傅作义等人的绝大多数部下均被镇压。
事实上，在中共建政前后，即在中共的所谓新老解放区，从来就没有停止过镇压“反革命”和“反革命活动”的做法。据中共官方统计，中共建政初期国民党残留下来的溃散武装曾被统称为“政治土匪”，约200万人，另有特务份子60万人，反动党团骨干60万人，共300万人。这些人大多数已在清匪反霸中被关、被管或被杀。
1950年3月和7月，唯恐杀得不够的中共中央先后两次下达了“镇压反革命”的指示。10月，则再次发出镇反指示，即有名的“双十指示”，警告各地纠正“宽大无边”的“右倾”倾向。“投诚”的国民党将领的厄运自此开始了。
在镇反运动中，被镇压的国民党将领大致分为如下几类：一、“投诚”后解职或被俘后释放返乡者；二、退役返乡数年、从事其它职业者；三、打游击而最终在“剿匪”战斗中被俘者；四、其他，如因畏惧逃亡外地者，隐姓埋名而被查出者等。前两类人数最多。
第二类如国民党上将宋鹤庚，1923年即随谭延闿入粤投奔孙中山，并被任命为湖南讨贼军湘军第一军军长。1952年1月，中共“湘乡县人民法庭”以宋鹤庚 “曾充任匪军师长、军长、省建设厅长、上将参议等职，一贯危害人民，反抗革命……”等罪名判处死刑。实际上在1925年，宋就脱离军界，1931年后就闲居上海，1949年，宋鹤庚还拿出自己私藏的枪枝，授意他的侄子组织湘乡县花桥警察队，投奔中共地下武装。
在此期间，遇害的国民党高级将领包括：中央军校学员教导总队长王旭夫、中央军校少将代理教育长肖步鹏、第1兵团副司令刘进、第2兵团参谋长、徐州绥靖公署中将高参韩起功、第3兵团副司令官兼第7军军长李本一、第10兵团副司令温怀光、第12集团军参谋长周址、第14兵团参谋长兼第7纵队副司令金亦吾、第17集团军参谋处长王育成、第2军副军长兼第9师师长陈应龙、第2军副军长兼宜昌警备司令尹作干、第3军副军长兼第7师师长李用章、新编第5军军长徐经济、第7军副军长兼师长钟祖培、第3 兵团暂编第8军副军长曾宪成、第15军军长武庭麟、第20军副军长夏炯、第24军副军长向传义、第26军副军长、滇西师管区司令曹森、第27军军长刘孟廉、第28军军长刘秉哲、第29军军长、军事参议院参议张治公、第33军军长韩步洲、第34军军长高倬之、第44军军长陈春霖、第66军军长何绍南、第 85军军长、第15集团军副总司令李楚瀛、第12战区骑兵总司令王英、新疆迪化警备司令部少将高参谢灵石、国防部川鄂挺进军司令部参谋长唐宪尧、国防部中将高参莫致宽、北伐军左路军第一路司令邓玉麟、辛亥起义四川革命军总指挥夏之时……
除了上述遇害的部份军级将领外，师级、旅级等国民党军官遇害的也不少。因为名单甚长，无法一一列出。他们中绝大多数是“起义”或“投诚”的将领，或许当中共的枪口顶着他们脑袋的时候，他们才意识到自己当初的抉择是怎样的愚蠢吧。
镇反运动究竟“杀”、“关”、“管”了多少人，毛泽东曾说杀了70万，关了120万，管了120万。毛的这个说法自然是有根据的，因为它来自于公安部副部长徐子荣1954年1月的一份报告。徐当时的报告称：镇反运动以来，全国共捕了262万余名，其中“共杀反革命分子71万2千余名，关了129万余名，先后管制了120万余名。捕后因罪恶不大，教育释放了38万余名。”以被处决人数71.2万这个数字来计算，它已经达到当时全国5亿人口的千分之一点二四的水平了。考虑到当时各地出现的瞒报情况，实际上全国范围实际的处决人数很可能要大大超过71.2万的这个数字。
上个世纪80年代，中共终于局部地承认了“当时被镇压的还有部份起义投诚人员”这样一个事实。因“起义、投诚”而参加中共军队者，被开除军籍和判刑、劳改、管制的就有包括国民党将领在内的2.2万人。然而，由于上述数字还仅仅是由今日仍然在当权的中共所统计，到底有多少人被冤杀、冤判和残害，依然是个未解之谜。但我相信，那诸多的冤魂终会等到云开雾散的那一天！