郭自1999年7月起任中國科學院「處理法輪功問題領導小組」副組長，是中國科學院迫害法輪功的主要責任人。郭自2003年兼任中國科技大學黨委書記後、在中共中國科學技術大學第九次代表大會上再次強調了與「法輪功」的鬥爭和對法輪功學員的「轉化」。有意義的是遞狀的位置恰好是象徵美國自由民主精神的自由女神的對岸。
1999年7月，中共中國科學院黨組緊隨江澤民集團，成立了「處理『法輪功』問題領導小組」負責全院迫害法輪功事宜。以迫害法輪功爲唯一目的而建立的超越中國黨政機構司法體系之上的「610辦公室」就是各級黨委「處理法輪功問題領導小組」的常設辦事機構。7月26日，在京西賓館組織召開「揭批法輪功」千人報告會上，郭傳傑親自做「法輪功」學員的「轉化」工作。對拒絕放棄信仰的法輪功學員則採取「幾包一」、「一對一」的方法進行強制洗腦。根據「追查迫害法輪功國際組織」的調查結果，「轉化」被認爲是迫害法輪功學員致殘致死的主要原因和對法輪功學員實行精神和肉體滅絕的主要手段。
郭傳傑在中科院多次主持會議並講話，總結部署「與法輪功的鬥爭」和對法輪功學員的「轉化洗腦」。此外，他在光明日報上撰文鼓吹「三個代表」的「先進文化」時宣稱，對法輪功要用「辯證唯物主義爲核心的先進文化滌而蕩之」。此文被文化部信息中心的《信息簡報》特別推薦。
2000 年至今被覈實了的部分迫害案例顯示，中國科學院至少有27名教職員工因堅持修煉法輪功而遭到種種迫害：強行辭退、並被剝奪了基本工資；剝奪了分房的基本待遇、強行收回住房；不給退休金，斷絕生活來源甚至被送勞彈25945教，判刑；研究生們不放棄修煉者不予註冊、勒令退學或長期休學；非法綁架至洗腦班強制轉化或在本單彈20301位被強行關押封閉洗腦；甚至非法綁架送到拘留所拘留；禁止單位所有被記錄的法輪功學員出境。
中國科學技術大學是中國科學院的下屬單位。從調查中得知，中國科學技術大學曾多次以休學、退學來威脅學生不準上訪、放棄修煉。該校的多名師生被綁架到洗腦班、被開除、勞教、判刑。
對郭傳傑的起訴表明了通過法律途徑追究一切參與迫害法輪功的責任者的決心。同時表示相信最終的司法公正將一定會在中國大陸實現。