该案判决的依据，仅剩下"非法操纵证券"和"虚报资产"两项较轻的罪名。"房地产业务与拆迁"中的重头戏，则被摘除。即便以前两项罪名论，判决刑期也选择了最轻的下线。同时，作为一桩复杂而轰动的大案，周正毅几乎没有被"超期羁押"，这在"中国特色"的司法体系中也算得上"罕见"。
据说，中国银行香港分行行长刘金宝，与周正毅案相牵连，被捕后曾供出大量秘闻，涉及周正毅非法贷款（香港为此还可能追诉周正毅），和接受刘金宝"馈赠"的大批上海高干。然而，刘金宝的"检举揭发"，并没有构成"戴罪立功"和"从轻"发落，因为，对其"坦白交代"，有关方面根本不予"承认"。
周正毅被迅速定案和格外轻判，毫无疑问地，是"上海帮"大力庇护的结果。周正毅与"上海帮"的渊源，可谓家喻户晓。首先是与江泽民两个儿子江锦恒、江绵康的关系，如胶似漆，前者为后者提供滚滚财源，后者为前者开路护航；其次，与上海市各级干部的关系，堪称"路路通"，上至已经升任政治局常委、政治局委员的大人物，下至市委市政府要员，以至各局处级官员。在上海滩，谁都知道，周正毅是个"通了天的"人物。
面对社会上的议论纷纷，上海市委书记陈良宇公开站出来为周正毅辩护和开脱，称：根据目前调查，周正毅的罪名有两条：一条是虚报注册资金，另一条是操纵证券价格。没有发现该案与房地产有关的犯罪证据。陈良宇的说词，不仅"不打自招"地暴露了其对周正毅的公然庇护，而且马上拆穿了中共所谓"司法独立"的假面具。其一，周正毅在上海的主要业务就是房地产，即便以"常在河边站，哪有不湿鞋"的最低标准来看，也不可能没有问题，况且还有众多拆迁户的血泪控诉；其二，作为市委书记，没有理由过问和干涉司法部门的办案，向公众说明具体案件，更完全是司法部门的职能。陈良宇越俎代庖，动机可疑。
陈良宇还话锋一转，声色俱厉道：从1989年以来，国外的敌对势力从未停止对上海的造谣中伤。以2003年为例，境外一些媒体先后对上海的SARS问题、地铁四号线事故、特别是周正毅案件，作了大量不实报道…… 陈良宇上纲上线，一下子将问题上升到政治高度，充分反映其心虚胆怯！只能说明，周正毅案，直接关系到"上海帮"的政治生命。稍一不慎，可能全军覆没。
周正毅案，明显是胡温新班子与江系旧官僚的过招与斗法。胡温试图借此案撬动"上海帮"庞大黑幕的冰山一角；周正毅最终获轻判，证明江泽民一系仍然占据上风；或者说，这是新旧两大势力，在谁也吃不掉谁的情况下，被迫达成的折衷与妥协。
周正毅的轻判，与其他腐败案形成鲜明对照，牟其中被判无期，杨斌被判18年，等等。更不用说，在《南方都市报》诬陷案中，总经理喻华峰仅仅因为10万元的栽脏，就被重判12年。这一切，只能证明，当局在"反腐"上持双重标准。
实际上，以"反腐"为工具，玩弄权术，搞政治斗争，甚至政治陷害，早就是江泽民的一大发明。胡温以周正毅案为切口，以毒攻毒，反其道而行之，虽然虎头蛇尾，却敲山震虎，足以令"江家军"或"上海帮"心惊肉跳。
《自由亚洲电台》〔原题目：周正毅获轻判 众怒难平〕