有分析指出，今年选举出现了33万多张废票;选民投废票有很多可能原因，但其中不少都是因为不欲两位泛蓝正副总统候选人卡住位置，令中生代无法在下届参选。
分析家指出，只要对比一下泛蓝在4年前的总统选举和这次总统选举的废票率，就可部份发现支持马英九的人不一定支持连宋不断参选，而且拒绝承诺“只做一届”。2000年前台北市民在总统选举中共投了12449张废票，占全部票数的0.78%，2004年台北市却有30789张废票，占该市总票数的1.9%；换言之，今年不论是投废票的人或是废票率，都比四年前激增了一倍有多。
这些废票代表了甚么政治意涵，仍是有待专家作出更精确的分析，但据记者接触到一些台湾选民指出，他们虽然理念上和“泛蓝”较为接近，但却害怕今年8月满68岁的连战以及今年3月刚过了62岁生日的宋楚瑜会卡住马英九，令马英九无法在2008年代表泛蓝参选总统。
虽然部份中间选民有此质疑，甚至泛蓝内部也有“只做一届”的呼声，但连宋二人似是并不甘于只做一届。国民党籍立委曾蔡美佐就曾经表示，她3月1日在与地方人士座谈时，就谈到连宋“只做一届”的构想。据国民党高雄市立委罗世雄指出，对于“连宋只选一届”的建议诉求，由于担心这项主张会提前引爆蓝营内部的权力矛盾，连战等决策阶层已下令选前不得再议论此事，甚至还说出重话，指若有人再提这项主张，就请他离开国亲团队。
有分析认为，四年前连宋共得到126万4528票，这次在台北投给连宋的却只有89万7870票，在这流失的366658票中，部份是和连宋拒绝承诺“只做一届”有关。由于这次选举蓝绿双方总差距只是29518票，“英九情结”实际上成为这次选举胜负的其中一个关键。
据指出，除了年龄较大问题外，连战过往任台湾行政院长时的表现受批评，1997年他更因为台湾社会治安恶化而被逼引咎辞职。因此不少在两年前曾投票给台北市市长马英九的选民，这次反而投了弃权票。至于宋楚瑜，外间对于他曾任蒋经国秘书，但却反过来帮助台湾省籍的李登辉肃清当年国民党内的外省籍“非主流派”感到不满；另外，兴票案一役，也令外界对他的诚信起了怀疑。
事实上，民进党也是看准了这点采取了离间战略，陈水扁去年12月初7日曾说：“当年我和马市长一起竞争台北市长，但选输了，可是这样我才能选总统、做总统”。“让我有机会在2004年连任，这样2008年马英九就会有机会，对不对？”他此话一落，台下掌声四起，反而是站在陈水扁身旁的马英九一脸尴尬。陈水扁话毕，马英九随即消毒，对媒体表示，“我要严正的说清楚，我不是阿扁的助选员！”
有分析认为，连宋在台北市得票较四年前减少，马英九有辅选不力之嫌；但据知情者指出，马英九被安排在台湾各地辅选，到最后一天才回到台北；所以若论辅选不力，其实也不应算到马英九头上。再者，虽然得票率下降了大约4%，这次选举泛蓝的票数比马本人两年前选市长时已有增加，在2002年12月举行的台北市市长选举，马英九获得87万1997票，这次总统选举，连宋在台北市得到89万7870票。
