直到触及每个人的“灵魂和肉体” 的文化大革命运动开始，他的坐椅也不可避免地被摇晃了一下，但各方面人士也没有把他看成战斗目标。
在文革第二年(1967)，中南海开始揪斗刘少奇时，红卫兵小将和中南海“革命” 群众也把他揪出去斗了一下，先批他说他是“军阀”(因朱在参加中共前，在云南蔡锷组织的护法军中任团长)，这时毛泽东起来替他说话：“他是军阀该斗，我这个军阀政委也该陪斗。“革命小将”又问他什么是他一生中最大地遗憾。这些“小将”意思是想让他说“没有好好学习毛主席著作”。可他偏偏说：“没能在我妈临终前亲手端一碗热粥给她喝” 。毛此时倒也没怪他，反说：“他真是大老实人” 。由于毛的保驾，所以在文革中他未吃什么苦。这时因为他平时也不与人政权夺利的缘故。毛也认为他即无能力也无野心，决不会危及他的地位，所以还是让他享清福去吧！
一九七六年一月，周恩来的死对他是个极大地冲击。从周的遗体告别仪式上也可看出，他伏在周身上嚎啕大哭；他也听说毛和“四人帮”对周追悼的种种限制，直到当年四月初，北京人趁清明节集聚天安门广场悼念周恩来，最后又被八三四一部队和工人民兵武装镇压。
这些不得不使他回忆参加中共，特别是49年中共取得政权后的一幕一幕的党内高层斗争，这时这个老实人才大彻大悟，他鼓足了勇气在一次中共高层会议上，用拐杖啄着地面忿忿地说：“我糊里糊涂过了一辈子，现在我清醒了，可是已晚了”。这时他已九十高龄了，已经回天乏力了。自此以后他就抢着接见外宾，想以此来强化自己在国际和国内的影响。可惜说完这话不几个月就离开了人间。
这里还有一段永远不能清楚的历史悬案，即他最后是以感冒引起的并发症死的。有种传说是“四人帮” 怕他死在毛泽东以后，以他在党内，军内原来的威信，起来把他们打倒，因而通过策划，趁他在人民大会堂等待接见外宾之机将空调降低，使他感冒，致使这位高龄老人在当年七月六日就带着终身遗憾弃世而去。
看来这种说法也有一定可信度。因为他虽体弱多病，但无绝症，而且他仅比毛泽东早死两个月。
