据《后汉书》记载，西汉灵帝末年，董卓官拜少府，应该回京师上任，但是董卓见天下将要大乱，不肯放弃军权，找借口说自己手下的人不让自己离开，不肯进京。汉灵帝临终前拜董卓为并州牧，要求他将军队转给皇甫嵩。董卓上书说自己手下的军士同自己感情很好，自己宁愿在边陲为国家效力，依旧不肯上任。于是驻兵河东，以待时变。当时的朝廷危机重重，已经无力顾及讨伐董卓了。
汉灵帝死后，小皇帝登基，何太后及其兄何进掌握朝政。何进与太后为是否诛杀干政的宦官产生了分歧，何进暗中召董卓带兵入朝，想要胁迫太后。此举正中董卓下怀。董卓立刻上路。没想到还没到京城，何进就被宦官杀死了。袁术讨伐宦官，有宦官劫持小皇帝和小皇帝的弟弟陈留王连夜出走，正好碰上董卓闻讯赶到。小皇帝和陈留王被带回了京城。
董卓进入京城后，手握重兵，自以为得志，从此恣意妄为，不顾众人的反对，胁迫大臣和太后废黜小皇帝，立陈留王为帝。接着贬黜并杀掉了何太后。尔后董卓被封为相国，国公，家族亲友纷纷封爵，贵极一时。 这时的董卓身处高位，被自满和私欲冲昏了头脑。
当时的京城各王亲贵族的豪宅到处都是，家家都积攒了很多的金银财宝。董卓放纵士兵随意闯入家宅，掠夺财宝，甚至抢走了汉灵帝墓葬中陪葬的珍宝。又纵容士兵奸淫妇女，连公主和皇宫中的女子也不放过。他滥杀无辜。就是各王公大臣也无法保全自己的家财和家人，从上到下，人人自危。
虽然很多人畏于他的权势，不敢说什么，甚至还要奉迎讨好他，但是董卓的所作所为已经使他众叛亲离。很快韩馥和袁绍等十多人就开始联合起兵讨伐董卓。
董卓非常害怕，连忙杀掉被废黜的小皇帝，迁都西都长安，以躲避兵锋。他强迫百姓背井离乡，一路上百姓被士兵欺凌，再加上旅途奔波，强盗和饥饿，无数人死在了路上。董卓离开前，放火焚烧了所有的宫殿和官府民宅，又挖开历代皇帝的陵墓，以及各王公大臣的家墓，将陪葬的珍宝掠夺殆尽。
到了长安，董卓愈加肆无忌惮。各大臣只要言语不慎，说杀就杀。他在长安城东建起了“眉坞”，外墙的高度和厚度都是七丈，里面储藏了三十年的粮食。他自以为这样就安全了，声称自己如果成功，就可以称霸天下；如果不能成功，就守著“眉坞”也可以终老了。
王允同其他一些人决计要除掉董卓。吕布当时是董卓的义子，董卓自知做恶太多，走到哪里都带着吕布保护自己。
《三国演义》中讲述的吕布为貂婵杀掉董卓的故事就发生在这时。王允正发愁如何除掉董卓的时候，美丽的家婢貂婵愿意为王允分忧。于是王允对董卓许诺将貂婵送给董卓，后来又对吕布许诺将貂婵送给吕布。然后王允将貂婵送进了董卓的府中。尔后王允使吕布相信董卓竟然将送给吕布的貂婵据为己有了。吕布大怒。后来貂婵碰上吕布，又向吕布表达自己被霸占的痛苦和无奈。董卓发现了吕布同貂婵会面，大怒之下向吕布投掷手戟。吕布同董卓产生了矛盾。王允于是借机说服吕布除掉了董卓。貂婵在正史中没有记载，但是正史中确实记载了吕布同董卓的家婢有私，也记载了董卓曾经拔手戟掷向吕布。
《后汉书》中记载了董卓被诛杀的经过。
当时曾经有人在布上写“吕”字，扛着布在街市上行走，还唱歌说“布啊”。董卓听说了之后并没有在意。皇帝生病刚刚好，大会群臣。董卓乘车离开家，拉车的马无缘无故被惊吓，董卓的衣服被弄脏了，只好回家换衣服，他的小妾认为不吉利，劝他不要去了，他不肯听。王允同其他人在宫中布置好了等董卓。董卓进宫前，他的马又无缘无故被惊吓不肯前行。董卓觉得很怪异，决定打道回府，可是吕布力劝他进了宫门。安排好的人乘机用戟刺董卓，但是董卓身穿兵甲，所以仅仅伤到了手臂，摔下车来。董卓大声喊吕布来保护自己，吕布大声说：“皇上有诏书征讨贼臣。”董卓又惊又怕，大骂说：“庸狗竟然敢这样。”吕布持矛刺董卓于地，并指挥军士杀死了董卓。
董卓被杀死后，吕布手持皇帝的赦书，号令宫内宫外的所有人。士卒听说了之后，高呼万岁。
长安城中的百姓载歌载舞庆祝董卓的死亡，无数的人卖掉服饰珠宝换来酒肉相庆。皇甫嵩带兵攻入眉坞，董卓一家全部被杀。
董卓的尸体被放在街上示众。他的尸体后来被燃成灰烬，扬撒在路上。
后来董卓的部下因为担心被株连，起兵进入长安，并试图搜集董卓的尸灰棺葬他。下葬当天，狂风暴雨大作，雷电击中董卓的墓穴，雨水流入墓穴，甚至使他的棺木都漂浮了起来。
董卓的故事告诉我们什么呢？人为善，自然会得到众人的关心和爱护；人为恶，纵有千军万马保护，这千军万马也会成为自己的敌人，甚至连累家人。真正安全的不在坚固的城堡，也不在权势熏天，而在于无私真诚宽容地待人。
董卓在世时做恶太多，连老天都不能宽恕他。做后人的难道不应该因此而引以为戒吗？