试想，象“三个代表”这种重要的理论出来后相当长一段时间外界搞不清楚是如何定夺的，什么人操笔的，可见保密程度。目前中央领导人智囊班子中左看右看，可以说只有王沪宁是最清新的学者加改革派，其他不是已经被中共政权污染，就是本身即是这种体制培养出来的。李鹏人马以及其他一些左派认为只要搞掉王沪宁，就斩断了江泽民的一只臂膀。
当然，根据共产党的理论，外因毕竟通过要内因起作用，江泽民本身从“三个代表”理论提出后已经开始对王沪宁有意见。中南海甚至传出江泽民有种上了王沪宁当的感觉。这要从“三个代表”理论本身说起：“三个代表”理论出现后，海内外褒贬不一。可是凭心而论，有头脑的人都不难看出，“三个代表”只是首著，如果顺著这个思路走下去，也就是真正彻底改变共产党的统治。这是之所以“三个代表”提出后，受到左派集团的猛烈攻击的原因。“三个代表”提出前中央已经意识到左派的反应，但是出乎江泽民意料之外的则是全国基层的反应大大出乎中央政策研究室（王沪宁主管）预测。据说在不久前江泽民对于王沪宁大发脾气，认为没有做好全国性的基层调查研究，高估了中国新兴高收入人士以及中产阶级的势力，是造成江泽民提出“三个代表”后左右为难的主要原因。
中南海消息说，江泽民并不是象海外攻击的那样保守，但是他一切从自己的权力地位出发，左右摇摆。他自己也认为中国必须要进行政治体制改革，但是这个改革绝对不能危及到自己的统治地位。所以他一方面把“三个代表”作为自己历史定位，一方面又为“三个代表”理论提出后的反应惴惴不安。
这里说句公道话，对于王沪宁这样的学者，无论是从投靠国家安全部，还是紧跟赵紫阳，后来的江泽民，其实他不是为了作官，而是为了推行自己的学术理念。王沪宁在八十年代提出的很多改革主张都被赵紫阳接纳，当时就有“王沪宁是赵紫阳政治字典”的说法，作为学者他能够做到这一步，在北京圈内的人不是不清楚。更有接近高层人士指出，去年王沪宁就拒绝了曾庆红提出的十六大出任宣传部长的许诺，一度使得曾庆红很是不满。江泽民也认为十六大后是正式推行“三个代表”的时候，王沪宁出任中宣部部长可行。但据传，王沪宁已经表明心迹，继续搞自己的理论研究，或者宁愿回到大学教书育人。
说到这里，另外一件事情不得不提一下，那就是前面提到王沪宁和国家安全部门关系时提到他的妻子周棋。海外媒体直到最近仍然有热心人士在介绍王沪宁时提到他的“贤内助”。其实王沪宁早在1996年到北京后一年，已经正式和周棋秘密协议离婚，并且于1998年在极其秘密的情况下和他在复旦大学的学生，小他十二岁的湖南女孩萧佳灵结婚。他们结婚如此秘密，圈内人开玩笑说：只有江泽民知道他秘密结婚。
这个玩笑有背景，因为王沪宁秘密结婚的妻子萧女士是复旦大学外交关系博士，也相当有成绩，王沪宁已经把她介绍给江泽民，江泽民有些关于美国的事情都有和萧博士探讨。这里可以说无巧不成书，不知道是王沪宁是彻底得罪了国家安全部，还是李鹏人马有意整他，王沪宁结婚的消息也是出口转内销才搞到都知道。
话说1998年王沪宁和萧佳灵结婚后仍然一人上海一人北京两地分居。1998年底萧佳灵前往日本东京大学完成博士后研究，原定一年。可是八个月不到，萧却匆匆返回。原来，萧佳灵到日本后一开始就受到日本情报部门的注意，这种“关怀”又被北京国家安全部获悉，国家安全部高层当时并不知道萧王的关系。经过查背景知道后，大为紧张，立即要求萧提前结束博士后研究。据说直到现在国家安全部仍然没有查出日本情报部门如何获得王萧关系的情报。这件事情当时台湾也并不清楚，据说国家安全部专家通过这件事情认识到日本情报部门对华工作的深度，比台湾有过之而无不及。