●吳邦國專機到滬宣佈徐匡迪新任命
12月動向雜誌報導，十二月三日下午，吳邦國乘專機到滬，在市委常委擴大會議上，代表中共中央宣佈：中央任命徐匡迪爲中國工程學院副院長兼黨組書記，並對徐匡迪擔任上海市長長達六年，給予了高度評價，稱徐爲「深得一干五百多萬上海市民民心的市長」。徐匡迪在會上強忍著眼中的淚水，說：難以想像，自己擔任了六年市長了從個人情感，要離開上海，是依依難捨的。對上海市民的愛護，對一起工作的同志的幫助，是深深感謝的。
●上海各界婉惜徐匡迪辭職
十二月三日當晚，上海市委市政府值班室就接到了上百起查詢，慰問徐匡迪的電話傳真。十二月七日，上海市第十一屆人大常委會第三十四次會議正式通過關於接受徐匡滬……雲上海市市長的職務，這個消息也正式公佈、證實從三日到七口，已有七、八十個向徐匡迪致敬、慰問的花籃、鮮果籃送到市委、市政府。到了十二月八日，已有近千多封慰問、致敬信函送到市委、市政府。有的慰問信、卡上寫著「徐匡迪，請您留下!」「黃菊該下臺!」「黃菊無能又缺德!」「黃菊再留任，國家沒前途!」……等等。
●滬人大表決徐辭職及陳良宇代市長情況
根據中共官場的遊戲規則，十二月三日吳邦國先在黨內上海市委常委會議上代表中共中央宣佈對徐匡迪的新任命之後，還要在上海市人大常委會上走一下形式。
十二月七日，上海市第十一屆人大常委會第三十四次會議，以「一會二制」表決了兩個議案決定。
一、以舉手表決通過《上海市人民代表大會常務委員會關於接受徐匡迪辭去上海市市長職務請求的決定》，表決結果：共五十二人出席，七人舉手反對，十四人棄權；
二、以投票表決通過《上海市人民代表大會常務委員會主任會議關於提請審議決定上海市代理市長（陳良宇）》的議案，表決結果：十一票反對、十二票棄權。
●徐匡迪低調離任
徐匡迪爲了避開「風頭過勁」或其他原因，從十二月六日起就搬離住宅，住進了賓館，婉謝了上百起學術界、科研界、文教界、工商界、民主黨派團體，知名人士、外國駐滬商團爲他設宴送行。徐匡迪也婉拒了黃菊以上海市委名義爲他餞行，說：免了吧!日後人事變動還多著哩!
●市長和書記長期不和
徐匡迪和黃菊長期不和，在上海已是公開的祕密。徐、黃不時把二人爭論的問題帶到中央，也給江澤民、朱鎔基和吳邦國帶來了困擾。江、朱、吳多次批評：市委、市政府兩個頭不和，所造成的影響，下僅上海社會無人不知，連海外都在盛傅。
但，上海市民的民意、黨內的民意，包括中央調查組多番調查的結果，徐匡迪的民意都遠高於黃菊，這使黃菊很難堪，加上黃菊的生活作風問題一而再再而三出格，使得黃菊的名聲很差。
●徐決意請辭並獲准的原因
導致徐匡迪這次決意向中央請辭並獲准，其原因是近期上海市委、市政府作年終總結，徐匡迪、黃菊二人在市委常委會議上又發生了激烈的爭論，到了徐、黃二人必須有一人要離開的地步。這次省（區）、直轄市一級的年終工作總結，是從十一月中旬開始進行的，到十二月上旬要完成。
徐、黃展開激烈爭論的主題有二。
其一，是關於上海滬東造船廠「七一七」重大傷亡事故。徐匡迪提出：市委、市政府要在總結報告中公開承擔在安全工作上的失職責任。徐表示至於個人責任，我（徐匡迪）承擔。如果下這樣，對市民、對國家不作出負責的交代，今後將失信於民，不是負責任的政府。黃菊竭力反對，說：這樣開了先例，以後凡事都要由市委、市政府承擔，那黨和政府還有威信和領導基礎嗎?如果社會要追究，追究到誰身上?徐匡迪說：我個人要承擔。地基下陷，市政府是有責任的。
●關於新民晚報的問題
徐、黃髮生激烈爭論的另一個主題是關於上海新民晚報的問題。
近期以來，上海新民晚報的銷量大幅下降。市民反映「晚報晚報，報喜報功報領導，這叫人民喉舌嗎?」徐匡迪在市委常委會上說：新民晚報是有別於解放日報的。晚報在五十年代、六十年代初就很響，這就是晚報的特點。我看，社會反映是有道理的，對晚報不能設太多的條例。我對「主旋律」的理解，指的是辦報的方向。報紙的主調、社會的陰暗面，包括黨內敗壞、陰暗的，經覈實不涉及到機密，不影響法律，都可以披露。百姓對政府官僚、腐敗的批評可以見報，否則，何來人民輿論監督!黃菊說：作爲市委書記，不管、不抓宣傳陣地，就是最大的失職。報紙不是商品，晚報不是娛樂、小道新聞的小報。對百姓的反映，要分析反映的是什麼，不能銷路下跌就改變晚報的方向。
有兩次會議，都因爲徐、黃爭論太激烈而中止。
黃菊對新民晚報曾作過多次批評，要晚報注意方向…並提出了「五不準」：不準自發政治性新聞；不準隨意轉刊海外、外國有關中國政治、黨政內部的評論和消息；不準隨意轉刊有損害國家對外路線、方針的海外、外國政治動態；不準轉刊外地未經覈實的消極、震盪性政治、社會新聞；不準刊登譁衆取寵的低級趣味新聞。
黃菊的「五不準」下達後，立即引起新聞界的反感，曾向中宣部查詢這是否中央對新聞界的新精神?黃菊在會上說：大上海將發展爲國際經濟、金融、科技、航運、貿易都市，但絕對不會變爲烏煙瘴氣文化、新聞充斥的城市：
●在京參加經濟工作會議時遞辭呈
十一月下旬，徐匡迪上京參加中央經濟工作會議期間，見到江澤民、朱鎔基，並提交了請辭報告，自九八年以來，這已是他第五次提交請辭報告了。徐提出：讓他回冶金研究所搞本行工作，或準他返回母校（北京鋼鐵學院）執教。中央經濟工作會議結束後，江澤民對徐匡迪說：回北京工作吧!
江澤民接受了徐匡迪辭去上海市長的職務。
●江澤民「舍徐保黃」面對黃菊上京難題
江澤民做出「舍徐保黃」的決定，是經過鄭重考慮的。
嚴格說來，徐匡迪並不是江澤民「上海幫」的嫡系，因爲江在上海任職時，徐匡迪還未走上仕途。徐匡迪是在一九九一年才從教職轉爲上海市計委主任，然後一步一步當上市長的。當時正是朱鎔基、吳邦國主政上海時期。而黃菊一直以來都是江的親信。因此，從個人情感而言，從個人和統治集團的既得利益着想，江需要「舍徐保黃」。
不過「舍徐保黃」，並不等於黃菊就不動了。
根據上海市領導層的政治生態，徐匡迪離去之後，黃菊在上海的威信低、聲譽劣，也不可能再留任。江澤民如果把黃菊扯進新屆中共核心層，等同毀了吳邦國、曾慶紅，也毀了他自己。因之，黃菊上調中央書記處，根本不可能。可能被安插爲人大副委員長，接替姜春雲的職務。儘管這只是個「虛職」，但可以作爲江、曾派系人馬在全國人大常委核心中制衡人大委員長李瑞環或李嵐清。問題是，黃菊恐怕也很難過人大副委員長要經過等額選舉這一關。等額選舉雖然是有限民主，但是當年姜春雲在八屆人大當選爲副總理時，得票僅百分之六十二點五，九八年九屆人大選人大副委員長時，得票僅百分之六十七，他這二次等額選舉的得票率，曾創下中共等額選舉的最低記錄。黃菊的命運可能比姜春雲還慘，這也是江澤民感到十分棘手的問題。
●朱鎔基推薦黃菊接任人
關於繼任黃菊新屆上海市委書記的人選，朱鎔基推薦的是吳儀或曾培炎。朱說：上海市委領導班子不能只升到中央、只調外省升官，也要能下去，外面幹部也能到上海擔任主要領導，這樣對上海、對中央工作都有利。