爆炸原因仍待調查，現場人員說很可能是爆炸大樓內兩名維修工人違規操作，造成一層倉庫內化學藥品爆炸。海口當局已成立專案小組調查爆炸原因，暫時不排除包括人爲破壞在內的任何可能性。
香港《太陽報》報導，這起爆炸案發生在當天傍晚五點廿分左右。海口農科院綜合辦公大樓突然猛烈爆炸，三層高的建築有約三分之一倒塌，面積與一個籃球場相當。在現場救援的公安表示，爆炸與倒塌造成多人當場死亡，估計超過五十人，傷者則多到暫時還無法統計。
中共官方《中國日報》報導，這起意外造成一死十多傷，其中六人重傷，還有兩人被埋在瓦礫堆中。