爆炸原因仍待调查，现场人员说很可能是爆炸大楼内两名维修工人违规操作，造成一层仓库内化学药品爆炸。海口当局已成立专案小组调查爆炸原因，暂时不排除包括人为破坏在内的任何可能性。
香港《太阳报》报导，这起爆炸案发生在当天傍晚五点廿分左右。海口农科院综合办公大楼突然猛烈爆炸，三层高的建筑有约三分之一倒塌，面积与一个篮球场相当。在现场救援的公安表示，爆炸与倒塌造成多人当场死亡，估计超过五十人，伤者则多到暂时还无法统计。
中共官方《中国日报》报导，这起意外造成一死十多伤，其中六人重伤，还有两人被埋在瓦砾堆中。