此次颁奖，除授出“最高”奖之外，还有其他奖项，共2612人获奖。有关报道称，颁发数目空前的巨额奖金，是展示当局“科教兴国”的决心和对杰出科技创新人才的重视。

　　设立中国国家最高科学技术奖，显然是效法国际上的诺贝尔奖，500万元的奖金数目，也相当于八十年代的诺贝尔奖金数目。在科技领域里，中国大陆的学者至今与诺贝尔奖无缘。设立国家最高科学技术奖，或许有助于提高中国学者的自信心。

　　然而，中国设立和颁发这一大奖，却存有一系列疑问。诸如，评委如何组成？评选过程怎样进行？评选结果如何揭晓？这三道重要的工序，都不透明，更未公开，在外界完全不知情的状况下，突然公布和颁发，使人们有理由怀疑，大奖的评选是否公道？在人才辈出、精英荟萃的科技界，能否服众？

　　另外，评选中有否掺杂政治标准？如“四个坚持”、“三讲”之类，根据中国当今的风气，这是极可能的。比如，很显然的，反对三峡工程的专家，势必与该奖无缘。同情或练习法轮功的学者，势必也与该奖隔绝。而肯定地，一旦掺入政治标准，这一所谓“最高”奖便大失光环。

　　中国知识分子受政治的摆布由来以久。五十年代末，便有钱XX等人亲自出面，证明“大跃进”的正确性，证明农田单位亩产“可以无限提高”。与钱XX同时代的大多数知识分子则受到无情迫害。

　　到了邓小平时代，虽提出“尊重知识，尊重人才”，但规定知识分子的从属地位，却在这八个字中暴露无遗。江泽民时代高唱“科教兴国”，却只是把科技、教育，当做工具，为“保持社会稳定”服务，即为执政者的利益服务。持不同政见的学者，仍然遭到排斥，甚至监禁。

　　这次颁发的首届“国家最高科学技术奖”，每位得主虽然名义上获得500万元人民币，但却被规定：其中，50万元用于获奖者“改善生活”，450万元作为获奖者自选科研项目的经费。这一规定，实在令人啼笑皆非。因为从国际上的惯例来看，任何奖项，都是毫无保留地颁发给获奖人。获奖人如何支配奖金，完全是他们自己的事。大多数获奖人，通常会将所获奖金，投入新的科研项目；或者用于设立一个有益于相关事业发展或公众利益的基金会；或者把奖金径直捐献给某些同类性质的基金会；甚至直接捐献给慈善机构。

　　对“国家最高科学技术奖”奖金使用的规定，反映出中国有关决策者，至今仍然受计划经济思维模式的束缚；这种“留一手”的做法，也反映出他们对获奖人的不放心和不信任；同时也使获奖人失去了获奖后可能再次奉献社会的表现机会。