在过去的一个多世纪里，作为亚洲地区最大的两个国家，中日关系起伏动荡，大多数时间处于对立状态。一八九四年的中日甲午战争，以及第二次世界大战中，日军全面侵华，都曾使中日两国处于殊死敌对状态。
可幸的是，第二次世界大战，日本军国主义被以美国为主的同盟国击败，日本转型为一个民主国家，日本对外的侵略威胁大大减少。相反，依然处于独裁体制下的中国，却令包括日本在内的大多数周边国家感到不安。因为现代历史表明，历次世界大战，或区域性的紧张，都是专制国家挑起。不论是德国法西斯主义、日本军国主义，还是前苏联共产主义的侵略扩张，概莫例外。周边国家有理由怀疑，独裁下的共产党中国，可能成为继日本军国主义之后的又一祸患。而中国先后对朝鲜、印尼、越南、柬埔寨等国的强力介入，更加强了这一怀疑的依据。
民主与专制的对立，是冷战的意识形态基础。随着苏联的解体，东欧的解放，即这一大批共产党国家的民主化，冷战宣布结束。而仍然处于共产党独裁统治下的中国，便成为和平民主时代最大的潜在敌或假想敌。中日两国在日元贷款上的纷争，以及其他一系列纷争，都发生在这一大背景下。
向中国提供长期日元贷款，是1979年日本首相大平正芳访华时对中方做出的善意承诺。属于日本政府以低利息向发展中国家提供经济发展资金的官方“经济开发援助计划”。日元贷款的偿还期限一般为30年，利息最初定为3%，后来下降到2%以下。
1979年到1984年间，日本政府通过海外经济合作基金，对中国提供了第一批日元贷款，总额达3300亿日元，主要用于中国海港、铁路以及水力发电站等兴建项目。之后，日方又分别于1984-1989年间，1990-1995年间，1996-2000年间，陆续向中国提供了第二批、第三批、以及第四批日元贷款，截至去年三月，对华日元贷款总额已达2万5000亿日元。
一九八九“六四”大屠杀事件发生后，西方国家以停止经援，来制裁中国当局。日本方面也被迫中止对华日元贷款，但不久，日本却率先打破制裁格局，继续向中方提供日元贷款。日本政府持续向中国提供长期低息日元贷款，用意是明确的：鼓励中国的改革开放，促进中日友好，进而保障日本的国家安全和长远经济利益。
平心而论，日元贷款，对中国新时期的经济起飞，起到了重要作用。然而，中国当局对日元贷款一事，对内，即对中国人民，长期隐瞒，几乎不予报道。这令日本方面非常不满。中方有意淡化日元贷款，大致出于两方面的考虑，其一，不愿意造成中国依赖日元贷款的印象；其二，不想让老百姓知道，中共当局同中国昔日的敌人日本“打得火热”。
中国当局仰赖日元贷款，在有关两国关系的其他一系列问题上，便不得不对日方表现出迁就、妥协。最明显的表现，是在钓鱼岛主权争执上的退让。但由于根本利益的冲突，中日间的纷争却从未停息。诸如，中方反对日本与美国联手，建立“战区导弹防御系统”；不满日本扩充军力。日方则不满中国当局对台湾采取的武力威胁政策；反对世界银行贷款给被怀疑对藏族人民构成利益侵犯的青藏地区人口迁徙项目。等等。
进一步的分析表明，新一轮日元贷款纷争，还不象往常那般单纯。随着中国经济的崛起，中日利益冲突的升级，以及日本内部保守势力的抬头，日本国内反对给予中国长期低息贷款的呼声日高。日方展延新一批日元贷款，极可能预示着日本对华政策的重大转向。