三江源是世界上海拔最高、江河溼地面積最大、生物多樣性最爲集中的地區之一。但由於種種原因，目前三江源地區的生態環境日趨惡化，災害頻繁，生態系統極其脆弱，影響着長江、黃河、瀾滄江中下游地的工農業發展和人民羣衆的生產生活安全。
穆東昇說，青海省因是大江大河的發源地而被譽爲「中華水塔」。但近年來，長江、黃河、瀾滄江三江源頭地區湖泊萎縮，溼地退化，徑流量減少。素有「千湖之縣」美稱的瑪多縣境內衆多湖泊水位下降甚至乾涸，沼澤低溼草甸植被正向中旱生高原植被演變，大片沼澤地消失、乾燥並裸露。黃河源頭兩大淡水湖泊鄂陵湖和扎陵湖兩湖之間於一九九六年首次出現斷流。源頭地區冰川退縮，雪線上升，「中華水塔」的水資源供給量明顯下降。
三江源地區草地退化嚴重，鼠蟲害猖獗。據統計，退化、沙化草地面積已達一千多萬公頃，佔到青海省可利用草地面積的百分之五十三。草地產草量明顯下降，草原鼠害面積五百五十萬公頃，佔可利用草場的百分之二十八。三江源地區土地沙漠化加速發展。據有關部門統計，沙漠化土地面積已達二百五十多萬公頃，而且土地荒漠化和草地退化速度仍在不斷加快，這些沙化的土地現在每年要向長江、黃河輸送泥沙一億多噸。
三江源地區是高原生物多樣性最集中的地區，然而由於生態環境的惡化和人爲破壞，這一地區的生物多樣性種類和數量銳減。國家一級保護野生動物——藏羚由原來的十萬餘隻下降到了現在的三萬餘隻，馬麝已瀕臨滅絕，白脣鹿、馬鹿、雪豹等國家級野生保護動物數量銳減。